Публикации участников конференции

Англо-русскоязычный научный химический журнал
"БУТЛЕРОВСКИЕ СООБЩЕНИЯ"
Русский | English

Сведения о статье:

Шамов А. Г. , Егоров Д. Л., Храпковский Г. М. Оболочка P-AutoExtremum(G) для автоматизации итерационного алгоритма исследования ППЭ с помощью программы Gaussian

Данные о статье:
Название статьи:	Оболочка P-AutoExtremum(G) для автоматизации итерационного алгоритма исследования ППЭ с помощью программы Gaussian
Все авторы публикации в порядке следования:	Шамов А. Г. , Егоров Д. Л., Храпковский Г. М.
Аннотация:	При изучении механизмов химических реакций самые трудоемкие вычисления связаны с исследованием поверхности потенциальной энергии (ППЭ), в частности, с построением путей реакций (ПР) от найденных переходных состояний (ПС) к реагентам и продуктам реакции. Авторы данной работы предложили использовать в исследовании механизмов реакции несколько программ, чтобы воспользоваться преимуществами каждой из них. Была создана программа-оболочка P-AutoExtremum для программы Priroda, автоматизирующая процесс исследования элементарного акта химической реакции, включая поиск ПС, построение ПР от ПС к реагентам и продуктам и оптимизацию геометрии последних. Финальным этапом расчета элементарной стадии химической реакции является составление отчета с помощью программы P-Analysis. Следующим шагом исследования механизма реакции является расчет элементарного акта более точным методом функционала плотности с использованием программы Gaussian 09W (G09W). К сожалению, на этом этапе возникли технические проблемы, связанные с зацикливаниями при расчете путей реакции и оптимизации геометрии реагентов и продуктов реакции. Отчасти они были преодолены путем применения опции LQA для ключевого слова IRC при расчете ПР и замены метода B97XD на B97X при расчете ППЭ. Для сокращения затрат машинного времени и повышения надежности вычислений при поиске экстремумов на ППЭ авторами была создана программа-оболочка P-AutoExtremum(G). Она выполняет серию запусков программы G09W с опциями CalcFC и MaxCycle=N, в которых N задается управляющей оболочкой по определенному пользователем правилу. Геометрия молекулы в исходной точке задается пользователем, в дальнейшем берется из ранее завершившегося расчета. Если заданное число итераций оптимизации геометрии в G09W превышено, оболочка вычисляет новое значение N и заново вызывает G09W. Процесс прекращается при локализации экстремума на ППЭ с заданной точностью либо при превышении заданного в оболочке максимального числа вызовов G09W. Опыт применения описанной оболочки для поиска экстремумов в плохо сходящихся задачах акватер-молиза серосодержащих соединений показал ее эффективность: использованный алгоритм успешно работает, а количество аналитических вычислений матрицы вторых производных при локализации экстремума сокращается в 5-10 раз.
ROI:	jbc-01/17-52-10-28
Ключевые слова:	квантово-химический расчет, переходное состояние, поверхность потенциальной энергии, пути реакции, Priroda, Gaussian, P-AutoExtremum, энергии, энтальпии и свободные энергии активации, акватермолиз, программное обеспечение.
Общий форум статьи:	Смотреть форум
Finish english abstract pdf:	Скачать [размер файла: 297кб.] Дата: 03.09.2020 20:48:31
Шапка статьи в pdf:	Скачать [размер файла: 222кб.] Дата: 09.12.2020 21:13:16
Комментарий: