Публикации участников конференции

Англо-русскоязычный научный химический журнал
"БУТЛЕРОВСКИЕ СООБЩЕНИЯ"
Русский | English

Сведения о статье:

Калинина А. Е., Кудряшова Т. Р. , Филатов П. В., Крюков А. А. , Юрков А. П. Молекулярно-генетическая идентификация растения, используемого для поддержания коллекционных грибов арбускулярной микоризы, и проблема недостаточности данных в базе NCBI

Данные о статье:
Название статьи:	Молекулярно-генетическая идентификация растения, используемого для поддержания коллекционных грибов арбускулярной микоризы, и проблема недостаточности данных в базе NCBI
Все авторы публикации в порядке следования:	Калинина А. Е., Кудряшова Т. Р. , Филатов П. В., Крюков А. А. , Юрков А. П.
Аннотация:	Грибы арбускулярной микоризы культивируются в лаборатории экологии симбиотических и ассоциативных ризобактерий Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйст- венной микробиологии на растении-хозяине (предположительно Plectranthus australis). В ходе проведенных ранее исследований вид растения-хозяина был поставлен под сомнение в связи с отсутствием в результатах секвенирования на Illumina MiSeq микоризованных корней собственно ДНК P. australis при использовании универсальных праймеров для региона ITS1-5.8SRNA-ITS2. В работе представлены результаты идентификации растения-хозяина, включая: модификацию методики выделения ДНК из растительного материала; оценку качества выделенной ДНК; постановку ПЦР; повторное секвенирование растительного материала методом Сэнгера и таксономический анализ. Получены три ампликона с трех отдельных образцов листьев изучаемого микоризованного растения для региона ITS1-5.8SRNA-ITS2. Полученные последовательности совпали с результатами секвенирования Illumina MiSeq. Анализ результатов последовательности (BLAST) по данным Генбанка NCBI указал на схожесть с Dauphinea brevilabra (изолят K9314) почти 91%. При этом сходство с Plectranthus оказалось ниже. Низкий процент указывает на высокую вариабельность последовательностей внутри исследуемого и близкородственных родов, а также на отсутствие результатов секвенирования, как самого Plectranthus australis, так и близких видов в базе NCBI. По данным генетического анализа, при текущей наполненности базы NCBI исследуемое растение нельзя отнести к одному из родов Plectranthus или Dauphinea, или к какому-либо другому роду. Таким образом, следует относить исследуемое растение к виртуальному таксону, возможно новому роду. В ходе исследований показано, что основную проблему для анализа данных представляет незначительное количество в Генбанке NCBI данных по видам рода Plectranthus, а для морфологической иденти- фикации проблему составляет отсутствие фазы цветения растения в стандартных вегетационных условиях, что необходимо для точной оценки исследуемого растения по генеративным органам.
ROI:	jbc-01/22-69-3-125
Ключевые слова:	Plectranthus, грибы арбускулярной микоризы, молекулярно-генетическая идентификация
Общий форум статьи:	Смотреть форум
Шапка статьи в pdf:	Скачать [размер файла: 223кб.] Дата: 05.04.2022 13:23:18
Комментарий: